Για να προγραμματίσετε το EasyCleaner να εκτελεί αυτόματα κάποια ή κάποιες εργασίες όταν ξεκινά,  μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον ενσωματωμένο μηχανισμό Παραμέτρων εκκίνησης (γνωστό και από το DOS ως "γραμμή εντολών"). Ακολουθεί λίστα με όλες τις διαθέσιμες παραμέτρους εκκίνησης του EasyCleaner, με σύντομες επεξηγήσεις των λειτουργιών τους:

• -startup: ενημέρωση του EasyCleaner ότι εκκίνησε μαζί με τα Windows.
• -s: σιωπηλή λειτουργία (ελαχιστοποιημένο εικονίδιο στη Γραμμή Εργασιών των Windows -κάτω δεξιά).
• -reg: εντοπισμός εσφαλμένων καταχωρήσεων στο μητρώο των Windows.
• -delreg: εντοπισμός & διαγραφή εσφαλμένων καταχωρήσεων από το μητρώο των Windows.
• -dup: εντοπισμός διπλών αρχείων.
• -unn: εντοπισμός περιττών αρχείων.
• -delunn: εντοπισμός & διαγραφή περιττών αρχείων από το σκληρό σας δίσκο.
• -sta: εντοπισμός παρωχημένων συντομεύσεων.
• -delsta: εντοπισμός & διαγραφή παρωχημένων συντομεύσεων.
• -ccache: διαγραφή προσωρινών αρχείων του Internet Explorer (μνήμη cache).
• -chistory: καθαρισμός του ιστορικού επισκέψεων του Internet Explorer.
• -ccookies: Διαγραφή των cookies του Internet Explorer.
• -cmru: διαγραφή της λίστας Πρόσφατα Χρησιμοποιημένων Αρχείων (MRU) στο μενού "Έναρξη->Έγγραφα".
• -exit: τερματισμός του EasyCleaner.

Για να περάσετε οποιαδήποτε από τις παραπάνω παραμέτρους στο EasyCleaner μπορείτε είτε να χρησιμοποιήσετε τη γραμμή εντολών του DOS, είτε το μενού "Έναρξη->Εκτέλεση" των Windows. Πρώτα πληκτρολογήστε το πλήρες όνομα του EasyCleaner και μετά τις παραμέτρους (εντολές) που επιθυμείτε.

Π.χ. "c:\Program files\ToniArts\EasyCleaner\EasyClea.exe" -s -delreg -exit

Με την παραπάνω γραμμή εντολών, το EasyCleaner ξεκινά σε κατάσταση σιωπηλής λειτουργίας (παράμετρος: -s), κατόπιν εντοπίζει & διαγράφει όλες τις εσφαλμένες καταχωρήσεις του μητρώου (παράμετρος: -delreg) και τέλος τερματίζει τη λειτουργία του (παράμετρος: -exit).

Στην πραγματικότητα δεν έχει σημασία με ποια σειρά πληκτρολογείτε τις παραμέτρους στη γραμμή εντολών, αφού το EasyCleaner είναι αρκετά "έξυπνο" ώστε να τις διαχωρίζει και να τις εκτελεί με σειρά λογικής προτεραιότητας.